「スケーラー」と呼ばれる道具を用いて、歯石、バイオフィルムを除去します。
歯石は、蓄積された歯垢が変化したもので、磨き残しが原因で溜まった歯垢が歯石になり、歯みがきでは取り除けません。超音波スケーラーや手用スケーラーなど、様々なスケーラーを歯石の付着具合によって使いわけます。

歯周ポケット内部にある歯石、歯根の表面の汚れを除去し、滑らかにすることをルートプレーニングと呼びます。歯根面に歯垢が付着すると、細菌が浸透して汚染セメントになります。これがあると歯肉が歯根につかず、歯周ポケットが改善しにくい状態になります。
歯肉の付着を促し、歯根表面を滑らかな状態にすることで、歯垢が溜まりにくい状態にします。

歯槽骨が大きく破壊されて歯周ポケットが深い場合は、スケーリングだけでは歯石を除去することができません。その際、歯肉を切開し、歯根を露出させてから歯石を取り除きます。これをフラップ手術（付着療法）ともいいます。